takya.ru страница 1
скачать файл
Министерство образования и науки Российской Федерации

Сибирский федеральный университет



Молекулярная биология
Методические указания к семинарским занятиям студентов

Специальность 020208.65 - Биохимия

Красноярск

СФУ

2012


УДК 575.173(07)

ББК 28.070.я73



Составитель: Т.Н. Субботина

Молекулярная биология: методические указания к семинарским занятиям [Текст] / cост.: Т.Н. Субботина. – Красноярск: Сибирский федеральный университет, 2012. –19 с.
В пособии представлены методические указания к семинарским занятиям для работы студентов по разделу «Методы ДНК-диагностики»;

Предназначено для студентов специальности 020208.65 – «Биохимия».

Предложенные методические указания могут быть использованы преподавателями высшей школы при обучении студентов дисциплине «Молекулярная биология».
УДК 575.173(07)

ББК 28.070.я73

© Сибирский

федеральный университет, 2012



ВВЕДЕНИЕ
Семинарские занятия для студентов по курсу «Молекулярная биология» включают вопросы для обсуждения на занятии и литературу, рекомендуемую к занятию. Учебное пособие предназначено для студентов, обучающихся по специальности «Биохимия».

Цель изучения дисциплины: формирование у студентов знаний об особенностях строения и свойств макромолекул, входящих в состав живой клетки, структурно-функциональной организации генетического аппарата клеток и механизма реализации наследственной информации.

В задачи изучения дисциплины входит:

● ознакомление студентов с современными представлениями о структурной организации нуклеиновых кислот, механизмами реализации наследственной информации, регуляцией экспрессии генов и основными методами молекулярной биологии;

● формирование представлений о принципах использования знаний и достижений молекулярной биологии для решения задач в области медицины и клинической лабораторной диагностики, основанных на использовании методов прямой и непрямой ДНК-диагностики.

Семинарские занятия направлены на изучение ключевых принципов генодиагностики – совокупности современных методов ДНК-анализа, которые в настоящее время находят всё более широкое применение в различных областях клинической медицины.



В результате изучения дисциплины студент должен:

знать: теоретические основы, достижения и проблемы современной биохимии и молекулярной биологии;

уметь: использовать знание фундаментальных основ и методических подходов клеточной биологии для решения медицинских, сельскохозяйственных проблем, решения задач медицинской биохимии, диагностики состояния и охраны природной среды.

владеть: широким спектром аналитических методов и подходов биоорганической и биологической химии, молекулярной биологии.

СЕМИНАРСКИЕ ЗАНЯТИЯ
Занятие 1. Типы мутаций при наследственных заболеваниях – 2ч
Цель занятия (семинара): Разобрать все основные типы мутаций, способных привести к развитию наследственных заболеваний, а также заболеваний, обусловленных возникновением соматических мутаций.
Вопросы для обсуждения на занятии:

Типы генетической изменчивости. Классификация мутаций. Мутационная теория. Этапы мутагенеза. Генные мутации. Международная система обозначения генных мутаций. Хромосомные мутации: внутри- и межхромосомные мутации. Геномные мутации. Механизмы действия мутагенов. Механизмы репарации. Модификационная изменчивость. Типы модификаций. Фенокопии и морфозы. Точковые мутации. Структурные мутации. Патогенетические эффекты генных мутаций. Современная номенклатура мутаций. Разновидность структурных мутаций: экспансия тринуклеотидных повторов. Механизм происхождения динамических мутаций; Заболевания, обусловленные динамическими мутациями; Негативно-позиционный эффект, или эффект положения (variegation-эффект). Соматические мутации и заболевания, обусловленные возникновением таких мутаций (на примере мутации JAK2 в гене янус-киназы).


Литература, рекомендуемая к занятию:

  1. Генетика. Учебник для вузов/ Под ред. В.И. Иванова.- М.: ИКЦ «Академкнига», 2006.- 638с. (библиотека СФУ – 6шт.).

  2. Жимулев И.Ф. Общая и молекулярная генетика.- Сибирское университетское издательство, 1998.- 430с.

  3. Иллариошкин С.Н. ДНК-диагностика и медико-генетическое консультирование.- М.: Медицинское информационное агенство, 2004.- 207с.

  4. Иллариошкин С.Н., Иванова-Смоленская И.А., МарковаЕ.Д. Новый механизм мутации у человека: экспансия тринуклеотидных повторов (обзор) // Генетика. - 1995. - №31. - с. 1478-1489.

  5. Инге-Вечтомов С.Г. Генетика с основами селекции.- М., 1989.

  6. Медицинские лабораторные технологии: Справочник/ под ред. А.И. Карпищенко. – СПб: Интермедика, 1999. – 656с.

  7. Наглядная медицинская генетика: учебное пособие. Притчард Д.Дж., Корф Б.Р. Перевод с англ. / Под ред. Н.П. Бочкова. 2009. - 200 с.

  8. Antonarakis S.E., and the Nomenclature Working Group. Recommendations for a nomenclature system for human gene mutations // Hum. Mutat. – 1998. – № 11. – P. 1-3.

  9. Richards R.I., Sutherland G.R. Dynamic mutations: a new class of mutations causing human disease // Cell. - 1992. - № 70. - P.709-712.

  10. Shoffner J.M., Wallace D.C. Mitochondrial genetics: principles and practice // Am. J. Hum. Genet. - 1992. - № 51. - P.1179-1186.


Занятие 2. Методы ДНК-диагностики – 2ч
Цель занятия (семинара): Обсудить ключевые вопросы ПЦР – как основного метод прямой ДНК-диагностики.
Вопросы для обсуждения на занятии:

Понятие прямой ДНК-диагностики. Материал для проведения ДНК-диагностики. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР). Общая схема проведения ПЦР. Использование электрофореза как метода детекции продуктов ПЦР-анализа. Конструирование праймеров. Термостабильные ДНК-зависимые ДНК-полимеразы. Использование рестрикционного анализа для выявления точковых мутаций. Критические компоненты реакции ПЦР: специфичность реакции, точность синтеза ДНК и его эффективность. Основные компоненты реакционной смеси при проведении ПЦР: праймеры, термостабильные ДНК-зависимые ДНК-полимеразы, матричные нуклеиновые кислоты, ионы двухвалентных металлов, свободные дезоксирибонуклеотидтрифосфаты (dNTPs). Характеристики ПЦР: температурный режим, время элонгации праймеров, количество циклов, необходимое для проведения амплификации, объем реакционной смеси.

Проблемы, возникающие при постановке ПЦР. Появление неспецифических продуктов ПЦР. Дополнительные неспецифические продукты. Димеры праймеров. Появление продуктов ПЦР, не соответствующих по размерам ожидаемым. Дискретные "неспецифические" продукты. Высокомолекулярный "шмир" на фоне дискретных продуктов ПЦР или при полном их отсутствии. Низкий выход или полное отсутствие продуктов ПЦР.
Литература, рекомендуемая к занятию




  1. Вартапетян А.Б. Полимеразная цепная реакция (обзор). Молекулярная биология, 1991.- Т.25, вып.4.- С. 926-936.

  2. Иллариошкин С.Н. ДНК-диагностика и медико-генетическое консультирование.- М.: Медицинское информационное агенство, 2004.- 207с.

  3. Коничев А.С., Севастьянова Г.А. Молекулярная биология. - М.: Издательский центр «Академия», 2008. (библиотека СФУ – 71шт.).

  4. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбук Дж. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1986.

  5. Маркова Е.В. Молекулярно-генетические методы: метод. Указания/ Красноярск. Гос. Ун-т.- Красноярск, 2006.- 31с.

  6. Медицинские лабораторные технологии: Справочник/ под ред. А.И. Карпищенко. – СПб: Интермедика, 1999. – 656с.

  7. Молекулярно-генетические методы: метод. указания / Сост. Е.В. Маркова. - Изд-во Красноярского государственного университета.– 2006.- 31 с.

  8. Мушкамбаров Н.Н., Кузнецов С.Л. Молекулярная биология. - М.: ООО «Медицинское информационное агентство», 2003. (библиотека СФУ – 5шт.).

  9. Патрушев Л.И. Искусственные генетические системы.- Т. 1: Генная и белковая инженерия.- М.: Наука.- 2004.- 526с.

  10. Патрушев Л.И. Экспрессия генов. – М.: Наука, 2000. – 830 с.

  11. ПЦР «в реальном времени» / Под ред. Д.В. Ребрикова: 2-е изд.- М. БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009.- 223с.

  12. Erlich H.A. PCR technology. - Perkin-Elmer Cetus, 1993.- 247 p.

  13. Grompe M. The rapid detection of unknown mutations in nucleic acids // Nat. Genet. - 1993. - №5. - P. 111-117.

  14. Orita M., Suzuki Y., Sekiya Т., Hayashi K. Rapid and sensitive detection of point mutations and DNA polymorphisms using polymerase chain reaction // Genomics. - 1989.- № 5. - P. 874-879.


Занятие 3. Количественная ПЦР – 2ч
Цель занятия (семинара): Обсудить основные разновидности ПЦР и особенности количественной ПЦР (ПЦР в реальном времени), а также системы обнаружения продуктов ПЦР в реальном времени.
Вопросы для обсуждения на занятии:

Стандартная ПЦР. Множественная ПЦР. Асимметричная ПЦР. Гнездовая ПЦР. ПЦР с "горячим стартом". ПЦР, сопряженная с обратной транскрипцией. Амплификация больших участков ДНК с высокой точностью. ПЦР in situ. Аллель-специфическая ПЦР. Зонды типа "висячий замок" (padlock probes). ПЦР, чувствительная к метилированию матрицы. Иммуно-ПЦР. Количественная ПЦР (ПЦР в реальном времени). Системы обнаружения продуктов ПЦР в реальном времени: Система TaqMan; Система FRET; «Молекулярные маяки»; Флуоресцентные красители, связывающиеся с ДНК на примере SYBR Green. Праймеры типа «Скорпион».



Амплификация последовательностей с неизвестной первичной структурой с помощью методов методов, объединенных под общим названием односторонней ПЦР (single-sided PCR). Использование ПЦР для продвижения вдоль ДНК от участка с известной первичной структурой в сторону неизвестной последовательности. Понижение сложности амплифицируемой ДНК с помощью ПЦР (метод RAPD). Одновременная амплификация последовательностей целого генома. Альтернативные способы амплификации нуклеиновых кислот in vitro. Лигазная цепная реакция. Изотермические системы амплификации нуклеиновых кислот, основанные на транскрипции. Изотермическая самоподдерживающаяся репликация последовательностей (isothermal self-sustained sequence replication 3SR). Амплификация с замещением цепи ДНК (strand displacement amplification - SDA). Использование Qp-репликазы для амплификации нуклеотидных последовательностей. Амплификация по типу катящегося кольца.
Литература, рекомендуемая к занятию

  1. Вартапетян А.Б. Полимеразная цепная реакция (обзор). Молекулярная биология, 1991.- Т.25, вып.4.- С. 926-936.

  2. Иллариошкин С.Н. ДНК-диагностика и медико-генетическое консультирование.- М.: Медицинское информационное агенство, 2004.- 207с.

  3. Коничев А.С., Севастьянова Г.А. Молекулярная биология. - М.: Издательский центр «Академия», 2008. (библиотека СФУ – 71шт.).

  4. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбук Дж. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1986.

  5. Медицинские лабораторные технологии: Справочник/ под ред. А.И. Карпищенко. – СПб: Интермедика, 1999. – 656с.

  6. Медицинские лабораторные технологии: Справочник/ под ред. А.И. Карпищенко. – СПб: Интермедика, 1999. – 656с.

  7. Молекулярно-генетические методы: метод. указания / Сост. Е.В. Маркова. - Изд-во Красноярского государственного университета.– 2006.- 31 с.

  8. Мушкамбаров Н.Н., Кузнецов С.Л. Молекулярная биология. - М.: ООО «Медицинское информационное агентство», 2003. (библиотека СФУ – 5шт.).

  9. Патрушев Л.И. Искусственные генетические системы.- Т. 1: Генная и белковая инженерия.- М.: Наука.- 2004.- 526с.

  10. Патрушев Л.И. Экспрессия генов. – М.: Наука, 2000. – 830 с.

  11. ПЦР «в реальном времени» / Под ред. Д.В. Ребрикова: 2-е изд.- М. БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009.- 223с.

  12. Erlich H.A. PCR technology. - Perkin-Elmer Cetus, 1993.- 247 p.

  13. Heid C.A., Stevens J., Livak K.J., Williams P.M./Real time quantitative PCR // Genome Res.- 1996. - № 6. - P.986-994.

  14. Orita M., Suzuki Y., Sekiya Т., Hayashi K. Rapid and sensitive detection of point mutations and DNA polymorphisms using polymerase chain reaction // Genomics. - 1989.- № 5. - P. 874-879.


Занятие 4. Методы секвенирования – 2ч.

Цель занятия (семинара): Обсудить использование секвенирования ДНК по методу Сэнгера, а также метод пиросеквенирования для проведения мутационного скрининг гена.
Вопросы для обсуждения на занятии:

Методы расшифровки нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК. Секвенирование ДНК по Сэнгеру: «плюс-минус» метод. Секвенирование ДНК по Сэнгеру: метод "терминаторов".Секвенирование ДНК по Максаму и Гилберту: метод химической деградации. Автоматическое секвенирование ДНК. Флуоресцентные красители. Полимеразы, используемые при секвенировании ДНК. Секвенирующий гель и электрофорез. Современные секвенаторы.

Cеквенирование ДНК по методу Сэнгера, суть метода. Терминация синтеза ДНК под действием ddNTP. Область применения секвенирования ДНК по методу Сэнгера. Использование метода Сэнгера для анализа SNP. Вид авторадиограммы в случае гетерозиготной мутации (например, нуклеотидной замены).

Прибор для генетического анализа PyroMark Q24 - секвенатор нового поколения. Схема проведения исследования с помощью прибора для генетического анализа PyroMark Q24: Выделение ДНК; Постановка ПЦР; Получение одноцепочечной ДНК; Проведение секвенирования; Анализ результатов исследования. Принцип генетического анализа на основе реакции пиросеквенирования: Необходимые реактивы и расходные материалы для пиросеквенирования с помощью прибора для генетического анализа PyroMark Q24. Уникальная станция вакуумной пробоподготовки PyroMark Q24 Vacuum Workstation для получения очищенной одноцепочечной ДНК. Анализ результатов исследования c использованием программного обеспечения PyroMark Q24 Software. Уникальные возможности генетической системы PyroMark Q24: Возможность исследования частоты аллельной встречаемости; Возможность определения процента метилированной ДНК на заданном участке; Возможность обнаружения единичных однонуклеотидных замен (SNP), вставок и делеций; Анализ метилирования может быть совмещен с типированием однонуклеотидных замен в течение одного исследования; От 1 до 24 образцов могут быть проанализированы меньше чем за 15 минут. Детекция генетических полиморфизмов с помощью систем генетического анализа на основе пиросеквенирования. Преимущества пиросеквенирования над секвенированием по методу Сэнгера. Сравнительный анализ времени исследования, используя технологию пиросеквенирования и классические методы секвенирования. Ограничения пиросеквенирования.


Литература, рекомендуемая к занятию

  1. Миронов К. О., Дунаева Е. А., Дрибноходова О. П., Дедков В. Г., Шипулин Г. А. Детекция генетических полиморфизмов с использованием системы генетического анализа на основе пиросеквенирования PyroMark Q24 // Справочник заведующего КДЛ . № 4. 2011. С. 39-48.

  2. Горбунова В. Н., Баранов В. С. Введение в молекулярную диагностику и генотерапию наследственных заболеваний // СПб.: Спец.Лит. 1997. 287с.

  3. Nyren P., Lundin A. Enzymatic method for continuous monitoring of inorganic pyrophosphate synthesis / Anal. Biochem. - 1985. - Vol.151, №2. – P.504-509.

  4. Nyren P. Enzymatic method for continuous monitoring of DNA polymerase activity / Anal. Biochem. – 1987. – Vol.167, №2. – P.235-238.

  5. Hyman E.D. A new method of sequencing DNA / Anal. Biochem. – 1988. – Vol.174, №2. – P.423-436.

  6. Sanger F., Coulson A.R. A rapid method for determining sequences in DNA by primed syntesis with DNA polymerase, J. Mol. Biol., 1975, v. 94, p. 444-448.

  7. Sanger F., Niclein S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1977, v. 74, p. 5463-5467.

  8. Maxam A.M., Gilbert W. A new method of sequencing DNA, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1977, v. 74, p. 560-564.

  9. Tabor S., Richardson C.C. A single residue in DNA polymerases of the Escherichia coli DNA polymerase I family is critical for distinguishing between deoxy- and dideoxyribonucleotides. (1995) PNAS USA, 92(14), 6339-6343.

  10. Ahmadian A, Ehn M, Hober S. Pyrosequencing: History, biochemistry and future. Clin Chim Acta, Sep 2005.

  11. Ahmadian, A., Lundeberg, J. Review - A Brief History of Genetic Variation Analysis. BioTechniques, May 2002; 32: 1122-1137.

  12. Daly AK. Development of analytical technology in pharmacogenetic research. Naunyn-Schmiedeberg's Archives of Pharmacology. Jan 2004; 369(1): 133.

  13. Ekström, B., Alderborn, A., Hammerling, U. Pyrosequencing for SNPs. Proc. SPIE, Mar 2000; 3926: 134-139.

  14. Fakhrai-Rad, H.., Pourmand, N., Ronaghi, M. Pyrosequencing: An accurate detection platform for single nucleotide polymorphisms. Human Mutation, 2002; 19(5).

  15. Gut IG. Automation in genotyping of single nucleotide polymorphisms. Hum Mutat. Jun 2001; 17(6): 475-92. Review.

  16. Kling J. The search for a sequencing thoroughbred. Nat Biotechnol. 2005 Nov;23(11):1333-5.

  17. Langaee T, Ronaghi M. Genetic variation analyses by Pyrosequencing. Mutat Res, Jun 2005; 573(1-2): 96-102.

  18. Marsh S, King CR, Garsa AA, and McLeod HLPyrosequencing of clinically relevant polymorphisms.Methods Mol Biol, Jan 2005; 311: 97-114.

  19. Marziali, A., Akeson, M.,New DNA Sequencing Methods. Annual Rev. Biomed. Eng. 2001; 3: 195-223.

  20. Murrell A, Rakyan VK, Beck S. From genome to epigenome. Hum. Mol. Genet., Apr 2005; 14: 3 - 10.

  21. Ronaghi, M. Pyrosequencing sheds light on DNA sequencing, Genome Research, 2001; 11: 3-11.

  22. Ronagi M, Elahi E. Discovery of Single Nucleotide Polymorphisms and mutations by Pyrosequencing. Comp Funct Gemon. 2002; 3: 51-56.

  23. Rose CM, Marsh S, Ameyaw MM, McLeod HL. Pharmacogenetic analysis of clinically relevant genetic polymorphisms. Methods Mol Med. 2003;85:225-37. Review.

  24. Sauer S, Lange BM, Gobom J, Nyarsik L, Seitz H, Lehrach H. Miniaturization in functional genomics and proteomics. Nat Rev Genet. Jun 2005; 6(6): 465-76.

  25. Shendure J, Mitra RD, Varma C, Church GM. Advanced sequencing technologies: methods and goals. Nature Reviews Genetics, May 2004; 5(5), 335 - 344.

  26. Smith C. Genomics: Getting down to details. Nature. Jun 2005; 435: 991-994. Advertising Feature.

  27. Sylvan, A. A new light on DNA. American Biotechnology Laboratory; Aug 2000.

  28. Syvanen AC. Accessing genetic variation: genotyping single nucleotide polymorphisms. Nat Rev Genet. Dec 2001; 2(12): 930-42.

  29. Tooke N and Pettersson M. CpG methylation in clinical studies: utility, methods, and quality assurance. IVDT. Nov 2004; 41.

  30. Winge, M. Pyrosequencing - a new approach to DNA analysis. Innovations in Pharmaceutical Technology, 2000; vol 00, 4: 18-24.


ЗАНЯТИЕ 5. Метод биочипирования – 2ч
Цель занятия (семинара): Обсудить методы параллельного молекулярно-генетического анализа, в частности метод использование ДНК-биочипов и возможность их использования для определения SNP.
Вопросы для обсуждения на занятии:

Основные элементы технологии и принцип работы биочипов. Сравнение технологий поверхностных и гелевых микрочипов. Биочипы для анализа возбудителей инфекционных заболеваний. Биочипы для анализа генома человека. Белковые биочипы. Биочипы для медицинской диагностики. Обработка данных, полученных с помощью молекулярных биочипов. Основные типы олигонуклеотидных биочипов и их приложения. Экспрессионные олигонуклеотидные биочипы. Специализированные олигонуклеотидные биочипы для изучения полиморфизма в геномных последовательностях ДНК. Применение олигонуклеотидных биочипов для детекции ОНП в медицине. Биочипы с полным комбинаторным перебором l-мерных олигонуклеотидов (или универсальные олигонуклеотидные чипы; англоязычный термин «generic microchips»).



Принцип работы биочипов, разработанных в Институте молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН (ИМБ РАН) на примере набора реагентов «ФИБР-БИОЧИП».


Литература, рекомендуемая к занятию

  1. Грядунов Д.А., Зименков Д.В., Михайлович В.М., Наседкина Т.В., Дементьева Е.И., Рубина А.Ю., Паньков С.В., Барский В.Е., Заседателев А.С. / Технология гидрогелевых биочипов и ее применение в медицинской лабораторной диагностике. (2009) Лаборатория. т.3 (11). стр. 10-14.

  2. Гусина А.А., Гусина Н.Б. / Генетические дефекты про- и антикоагулянтных белков как факторы риска венозных тромбозов.- Медицинские новости. – 2006. – №9. – С. 10-14.

  3. Калашникова Е.А., Кокаровцева С.Н. / Ассоциация наследственных факторов тромбофилии с невынашиванием беременности у женщин в русской популяции.- Медицинская генетика, 2005.- Т4.- №8.- С.386-390.

  4. Колчинский А.М., Грядунов Д.А., Лысов Ю.П., Михайлович В.М.,. Наседкина Т.В., Турыгин А.Ю., Рубина А.Ю., Барский В.Е., Заседателев А.С. / Микрочипы на основе трехмерных ячеек геля: история и перспективы. Молекулярная биология. 2004. Т. 38. №1. С. 5.

  5. Лысов Ю.П., Флорентьев В.Л., Хорлин А.А., Храпко К.Р., Шик В.В., Мирзабеков А.Д. / Определение нуклеотидной последовательности ДНК гибридизацией с олигонуклеотидами. Новый метод. ДАН СССР. 1988. Т. 303. №6. С. 1508.

  6. Мирзабеков А.Д. / Биочипы в биологии и медицине XXI века. Вестник российской академии наук. 2003.- Т. 73.- № 5.- с. 412.

  7. Наседкина Т.В., Гусева Н.А., Митяева О.Н., Гра О.А., Федорова О.Е., Кожекбаева Ж.М., Глотов А.С., Паньков С.В., Юрасов Р.А., Чудинов А.В., Заседателев А.С. Микрочипы в диагностике лимфопролиферативных заболеваний. Молекулярная медицина 2007, 3: 54-60.

  8. Озолинян Л.А., Патрушев Л.И., Шполянская Н.Ю и др. / Распространенность мутаций в генах фактора V (G1691A, Leiden), протромбина (G20210А) и метелентетрагидрофолатредуктазы среди беременных московской популяции (С677Т) и их связь с патогенезом.- Тромбоз, гемостаз, реология. - 2001.- N 1 (5) - C. 47-53.

  9. Субботина Т.Н., Горбенко А.С. Опыт использования технологии «БИОЧИП» в генетической диагностике тромбогенных полиморфизмов // «Бюллетень Лабораторной Службы» Сборник публикаций, издаваемый Красноярской Краевой Ассоциацией МЛД, 2011, стр.29-35, [http://www.labmedica.ru]

  10. Чечеткин В.Р., Прокопенко Д.В., Макаров А.А., Заседателев А.С. Биочипы для медицинской диагностики. Российские нанотехнологии, 2006, том 1, № 1,2.

  11. Brown P.O., Botstein D. Exploring the new world of the genome with DNA microarrays // Nat. Genet. – 1999. .- № 21 (Suppl.). - P. 33-37.

  12. Cheung V.G., Morley M., Aguilar F. et al. Making and reading microarrays // Nat. Genet.- 1999.- 21 (Suppl.).- P. 15-19.

  13. Khrapko K., Lysov Yu., Khorlin A., Shick V., Florentiev V., Mirzabekov, A. / Anoligonucleotide hybridization approach to DNA sequencing. FEBS Letters. 1989. V.256. №1-2. P. 118.

  14. McKenzie S.E., Mansfield E., Rappaport E. et al. Parallel molecular genetic analysis // Eur. J. Hum. Genet. - 1998. - №6. - P.417-429.

  15. Yershov G., Barsky V., Belgovskiy A. et al. DNA analysis and diagnostics on oligonucleotide microchips // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1996. - № 93. - P. 4913-4918.

  16. http://www.biochip.ru/lab/apps/pf-biochip.html

  17. http://www.biochip.ru/lab/research.html


Занятие 6. Косвенная ДНК-диагностика – 2ч
Цель занятия (семинара): Обсудить основные вопросы, касающиеся косвенной ДНК-диагностики и анализа генетического сцепления.
Вопросы для обсуждения на занятии:

Принципы косвенной ДНК-диагностики.

Показания к проведению косвенной ДНК-диагностики. Суть косвенной ДНК-диагностики – анализ полиморфных (гипервариабельных) генетических маркеров. Термин «сцепление» - один из ключевых терминов клинической генетики. Различная степень сцепления исследуемых хромосомных локусов и их рекомбинация при кроссинговере. Пример косвенной ДНК-диагностики аутосомно-доминантного заболевания с помощью полиморфного (СА)n-маркера. Недостатки косвенной ДНК-диагностики: необходимость проведения анализа ДНК нескольких членов семей; неприменимость для диагностики спорадических случаев; вероятность ошибки, связанная с возможностью рекомбинации в мейозе между геном болезни и исследуемым маркером. Случаи, когда проведение косвенной ДНК-диагностики невозможно. Использование нескольких маркеров для повышения точности и информативности косвенной ДНК-диагностики. Понятие гаплотипа. Случаи, когда анализ с помощью гаплотипировагния по своей точности приближается к результату, полученному при прямой ДНК-диагностике. Использование косвенной ДНК-диагностики при заболеваниях, гены которых идентифицированы, но имеют большой размер и сложную молекулярную организацию. Применение косвенной ДНК-диагностики в качестве дополнительного диагностического метода у лиц из группы риска при отрицательных результатах традиционного мутационного скрининга.

Анализ сцепления и картирования генов наследственных заболеваний.

Изучение генетического сцепления для определения точсной локализации генов наследственных заболеваний на определённой хромосоме – генетического картирования. Методы, позволяющие картировать неизвестный ген в конкретном хромосомном локусе: клинико-генеалогический, цитогенетический, гибридизация in situ (флюоресентная гибридизация in situ, FISH), метод гибридных клеток и др.; ограничения этих методов. Метод картирования генов наследственных болезней человека – linkage-анализ – анализ сцепления искомого гена с набором точно локализованных генетических маркеров.
Литература, рекомендуемая к занятию


  1. Бочков Н.П. Клиническая генетика. - М.: Медицина, 1997.- 288 с.

  2. Горбунова В.Н. Молекулярные основы медицинской генетики. — СПб.: Интермедика, 1999. - 212 с.

  3. Иллариошкин С.Н. ДНК-диагностика и медико-генетическое консультирование.- М.: Медицинское информационное агенство, 2004.- 207с.

  4. Наглядная медицинская генетика: учебное пособие. Притчард Д.Дж., Корф Б.Р. Перевод с англ. / Под ред. Н.П. Бочкова. 2009. – 200 с.

        1. Grompe M. The rapid detection of unknown mutations in nucleic acids // Nat. Genet.-1993.- №5.-р. 11-117.

  5. Modern Genetic Analysis / Griffiths A., Gelbart W.M., Miller J.H.- NY.: Freeman, 1999.


Занятие 7. Генетическая классификация наследственных заболеваний – 2ч
Цель занятия (семинара): Обсудить основные вопросы, касающиеся проблем классификации наследственных заболеваний.

Вопросы для обсуждения на занятии:

Разработка рациональной классификации наследственных болезней – ключевая проблема клинической генетики. Факторы, определяющие трудности в систематизации наследственных болезней: Выраженный меж- и внутрисемейный фенотипический полиморфизм; Многие наследственные болезни характеризуются полисистемным и полиорганным поражением; Отсутствие биохимических и других рутинных лабораторно-инструментальных маркеров, позволяющих провести чёткие нозологические границы среди совокупности сходных клинических синдромов. Классификация наследственных болезней на основе клинического подхода (систематизация существующего разнообразия фенотипических признаков по органно-тканевому принципу) и учёте основных типов наследования (аутосомно-доминантный аутосомно-рецессивный, Х-сцепленный доминантный и рецессивный, митохондриальный или материнский). Генетическая гетерогенность наследственных болезней. Патогенетическая взаимосвязь различных по своим проявлениям наследственных болезней, обусловленных блоком соседних и взаимосвязанных этапов биосинтеза субстратов (на примере различных нозологических форм, имеющих отношение к фенилаланиновому метаболическому каскаду). Геномная (генетическая) классификация, основанная на установлении прямой взаимосвязи между изучаемой нозологической формой и повреждением определенного гена и его белкового продукта, лежащим в основе болезни. Первичный молекулярный дефект – ведущий систематизирующий признак в геномной классификации. Генетическая гетерогенность наследственных болезней на примере локусной гетерогенности (существование различных генетических локусов на хромосомах, т. е. различных генов, мутации в которых могут приводить к развитию сходных синдромов). Генетическая гетерогенность наследственных болезней на примере аллельной гетерогенности, при которой определенное наследственное заболевание может вызываться различными мутациями одного и того же гена. Разновидность структурных мутаций – экспансия тринуклеотидных повторов – как разновидность аллельной гетерогенности. Состояние компаунд-гетерозиготности при наличии аллельной гетерогенности. Аллельные заболевания – когда различные мутации в одном гене могут приводить к развитию различных клинических фенотипов, квалифицируемых, как отдельные нозологические формы. «Аллельная серия» - совокупность аллельных заболеваний, различающихся по своим базовым фенотипическим проявлениям, но связанных с повреждением одного гена. Подразделение заболеваний на группы болезней , характеризующихся определенным типом мутаций (динамические мутации, нарушение дозы гена, протяжённые делеции митохондриальной ДНК и др.). Функциональный подход к классификации наследственных болезней. Разделение болезней на группы в зависимости от функции мутантного белка: Энзимопатии и патогенетически близкие к ним заболевания с повреждением транспортных белков; Заболевания, обусловленные повреждением структурных белков клетки.


Литература, рекомендуемая к занятию


  1. Медицинские лабораторные технологии: Справочник/ под ред. А.И. Карпищенко. – СПб: Интермедика, 1999. – 656с.

  2. Наглядная медицинская генетика: учебное пособие. Притчард Д.Дж., Корф Б.Р. Перевод с англ. / Под ред. Н.П. Бочкова. 2009. – 200 с.

  3. OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man: a catalog of human genes and genetic disorders). www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim.

  4. Shoffner J.M., Wallace D.C. Mitochondrial genetics: prin­ciples and practice // Am. J. Hum. Genet. - 1992. - № 51. - P.1179-1186.


Занятие 8. Медико-генетическое консультирование - 2ч
Цель занятия (семинара): Обсудить принципы медико-генетического консультирования, основанного на методах ДНК-диагностики. Генеалогический метод. Определение генетического риска. Этические и организационные аспекты медико-генетического консультирования.
Вопросы для обсуждения на занятии:

Первичная и вторичная профилактика наследственных заболеваний человека. Медико-генетическое консультирование – как основа первичной профилактики наследственных заболеваний. Задачи медико-генетического консультирования. Проведение геналогического анализа. Генеалогический анамнез. Этапы генеалогического анализа: 1. Установление наследственной природы болезни; 2. Составление родословной; 3. Определение типа наследования; 4. Определение группы риска, а также расчёт конкретной величины генетического риска. Расчётные значения вероятностей фенотипов потомства при известных типах брака (для менделирующих заболеваний). Расчёт генетического риска при неизвестных генотипах родителей. Генетический риск при мультифакториальных заболеваниях. Использование методов ДНК-диагностики в практике медико-генетического консультирования для пренатальной, преимплантационной и ранней доклинической диагностики носительства мутации. Методы получения образцов ДНК для проведения пренатальной диагностики: хорионобиопсия, плацентобиопсия, амниоентез, кордоцентез. Новый неинвазивный метод установления генотипа плода – анализ ядросодержащих клеток плода, присутствующих в крови матери. Развитие методов обогащения популяции плодных клеток. Явление соматического мозаицизма – мутация возникшая de novo на одной из хромосом в соматической клетке. Гонадный мозаицизм – мутация, возникшая de novo на одной из хромосом в первичной половой клетке. Этические и организационные аспекты медико-генетического консультирования.


Литература, рекомендуемая к занятию


  1. Бочков Н.П. Клиническая генетика. - М.: Медицина, 1997.- 288 с.

  2. Генетика. Учебник для вузов/ Под ред. В.И. Иванова.- М.: ИКЦ «Академкнига», 2006.- 638с. (библиотека СФУ – 6шт.).

  3. Горбунова В.Н. Молекулярные основы медицинской генетики. — СПб.: Интермедика, 1999. - 212 с.

  4. Золотухина Т.В., Шилова Н.В. Клетки плода в крови матери: новый неинвазивныи подход в пренатальнои диагностике наследственных болезней // Вестник РАМН. - 1999. - № 12. - с. 45-48.

  5. Иллариошкин С.Н. ДНК-диагностика и медико-генетическое консультирование.- М.: Медицинское информационное агенство, 2004.- 207с.

  6. Медицинские лабораторные технологии: Справочник/ под ред. А.И. Карпищенко. – СПб: Интермедика, 1999. – 656с.

  7. Молекулярная клиническая диагностика. Методы. / Под ред. С.Херрингтона, Дж.Макги - М.: Мир, 1999.- 558 с.

  8. Наглядная медицинская генетика: учебное пособие. Притчард Д.Дж., Корф Б.Р. Перевод с англ. / Под ред. Н.П. Бочкова. 2009. – 200 с.

  9. Наследственные синдромы и медико-генетическое консультирование / СИ. Козлова, Н.С. Демикова, Е. Семанова, О.Е. Блинникова. - М.: Практика, 1996.- 416 с.

  10. Antonarakis S.E., and the Nomenclature Working Group. Recommendations for a nomenclature system for human gene mutations // Hum. Mutat. – 1998. – № 11. – P. 1-3.

  11. Beaudet A.L. Making genomic medicine a reality // Am. J. Hum. Genet. – 1999. – № 64. – P. 1-13.

  12. Beaudet A.L., Tsui L.-C. A suggested nomenclature for designating mutations // Hum. Mutat. – 1993. – № 2. – P.245-248.

  13. Bennett R.L., Steinhaus K.A., Uhrich S.B. et al. Recommendations for standardized human pedigree nomenclature // Am. J. Hum. Genet. Beaudet A.L., Tsui L.-C. A suggested nomenclature for designating mutations // Hum. Mutat. – 1993. – № 2. – P.245-248. 1995. – № 56. – P. 745-752.

  14. Brice A. Unstable mutations and neurodegenerative disorders // J. Neurol. — 1998.— № 245. — P. 505-510.

  15. Grompe M. The rapid detection of unknown mutations in nucleic acids // Nat. Genet. - 1993. - №5. - P. 111-117.

  16. Huggins M., Block M., Karani S. et al. Ethical and legal dilemmas arising during predictive testing for adult onset disease: the experience of Huntington's disease // Am. J. Hum. Genet. - 1990. - № 47. - P. 4-12.

  17. Natowicz M., Alper J.K., Alper J.S. Genetic discrimination and the law // Am. J. Hum. Genet. - 1992. - № 50.- P. 465-475.

  18. OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man: a catalog of human genes and genetic disorders). www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim.

Оглавление

Введение

3

Занятие 1

4

Занятие 2

5

Занятие 3

6

Занятие 4

7

Занятие 5

10

Занятие 6

12

Занятие 7

13

Занятие 8

14

Учебное издание


Молекулярная биология

Методические указания к семинарским занятиям

Составитель: Субботина Татьяна Николаевна


Подготовлено к публикации редакционно-издательским

отделом БИК СФУ

Подписано в печать 20 мая 2012 г. Формат 60х84/16.

Бумага офсетная. Печать плоская.

Усл. печ. л. (3).

Тираж 100 экз. Заказ 6531

Редакционно-издательский отдел

Библиотечно-издательского комплекса

Сибирского федерального университета

660041, г. Красноярск, пр. Свободный, 79

Тел/факс (391) 206-21-49. E-mail rio@sfu-kras.ru



http://rio.sfu-kras.ru

Отпечатано Полиграфическим центром

Библиотечно-издательского комплекса

Сибирского федерального университета



660041, г. Красноярск, пр. Свободный, 82а


скачать файл



Смотрите также:
Методические указания к семинарским занятиям
111.81kb.
Методические указания к семинарским занятиям студентов
212kb.
Методические указания к практическим занятиям Красноярск сфу 2011
87.51kb.
Методические рекомендации для студентов
25.3kb.
Методические указания по выполнению контрольных работ включают методические указания по выполнению контрольных работ, задания контрольной работы, вопросы для подготовки к экзамену, список рекомендуемой литературы
488.03kb.
Методические указания к практическим занятиям для студентов 4 курса (специальность «педиатрия») Петрозаводск Издательство Петргу 2014
526.66kb.
Методические указания к практическим занятиям по дисциплине «Специальные вопросы экономики» для студентов всех инженерно-строительных
464.63kb.
В. П. Гарькин 2010 г. Положение о выпускной квалификационной (дипломной) и курсовой работах методические указания для студентов по подготовке и оформлению дипломных и курсовых работ по специально
221.96kb.
Методические указания по самостоятельной работе Красноярск сфу 2011
480.18kb.
Методические указания для студентов 1 и II курсов дневного и заочного отделений экономических специальностей Санкт-Петербург
613.48kb.
Методические указания к практическим занятиям Специальность 050141 «Физическая культура» Канск 2012
295.49kb.
Методические указания и контрольные задания по физике для студентов всех специальностей ускоренной формы обучения Воронеж 2008
1193.33kb.